Στις οδηγίες συμπλήρωσης του πεδίου 6 (υπέρβαση ύψους) του Παραρτήματος Α' του Ν.4178/13 αναγράφεται:
"Το αυθαίρετο ύψος που δεν καλύπτεται από οικοδομική άδεια συγκρίνεται με το επιτρεπόμενο από τους όρους δόμησης ύψος που ισχύει για το ακίνητο"
Άρα, σε κάθε περίπτωση που έχεις ύψος μεγαλύτερο του αναφερόμενου στην οικοδομική άδεια αναγράφεις αυτήν την υπέρβαση στο σχετικό κουτάκι και συγκρίνεις με το επιτρεπόμενο.
Αν είναι μικρότερο από το επιτρεπόμενο τότε ο συντελεστής είναι ο (α)=1,2

Το δεύτερο σκέλος του ερωτήματός σου ("αν έχω υπέρβαση του επιτρεπόμενου για την περιοχή ύψους που έχει προκύψει αθροιστικά από επιμέρους υπερβάσεις...") πρέπει να μου το επεξηγήσεις. Δες ΕΔΩ αν καλύπτεσαι.

Για την επιλογή του συντελεστή υπέρβασης δόμησης λαμβάνονται όλες οι υπερβάσεις δόμησης της αυτοτελούς ιδιοκτησίας, είτε έχουν τακτοποιηθεί με τον Ν.3843/10, είτε μ' άλλον νόμο, είτε είναι αποθήκη κατηγορίας 3 κ.λπ..
Υπάρχει αν θυμάμαι καλά και μια σχετική ερωτο-απάντηση του ΤΕΕ/Τμήμα Πελοποννήσου.
Κάνε εύκολη αναζήτηση όλης της νομοθεσίας και ερωτο-απαντήσεως στο αρχείο μου ΑΥΤΟ.
Υπάρχει και μία ακόμα σειρά ερωτο-απαντήσεων που δεν έχω συμπεριλάβει. Θα τη βρεις ΕΔΩ.

Υ.Γ.: Καλό θα ήταν οι ερωτήσεις για ξεχωριστά ζητήματα να γίνονται σε ξεχωριστά θέματα και όχι όλα σε ένα και μάλιστα μη σχετικό.